空军总医院是一所三级甲等医院，占地面积13万平方米，建筑面积6.6万平方米，展开床位1000张，开设外宾病房，年门诊量45万人次。拥有高级专业技术人员150人，其中有博士、硕士学历人员114名。医院有30个临床专业科室，18个医技科室，设临床分子生物学研究中心、临床药理科及专科实验室44个，并与中国原子能科学院联合成立了国内首家“放射性核素治疗中心”，同时在国内首家成立了“立体定向放射神经外科中心”。具有雄厚的技术力量和先进的医疗设备(具有先进的螺旋CT、CT、PET、核磁、ECT、X-刀和直线加速器等）。
　　全军新医正骨中心采用中西医结合治疗颈、肩、腰、腿痛及软组织损伤，病人痛苦小，疗效高，饮誉海内外；全军皮肤性病中心主治白癜风、银屑病、化妆品过敏形成特色；空军糖尿病中心用新法治疗糖尿病肢坏疽疗效颇佳；空军血液病中心开展自体、异体骨髓移植术，用于白血病和实体肿瘤的治疗，其好转和治愈率达国内外治疗标准。全军航空病研究中心对空中晕厥飞行员小气道疾病的研究治疗处于国内外领先地位。
　　医院还开展了基因诊断和治疗、肾移植术；冠脉搭桥术、心肌激光打孔术；冠状动脉球囊扩张术（PTCA）、冠脉内支架术、经皮颈静脉门脉分流术、经皮外周血管血栓再通旋磨术，射频消融术及多种介入治疗；超声乳化治疗白内障和准分子激光治疗屈光不正和超声热疗治疗肿瘤等吸引了大量病人。
　　近年来，医院共有370余项科研成果获国家军队科技成果奖。医院与英国皇家研究生医学院合作建立了“华英放免技术研究所”，并创建了“生物医学工和研究所”、“医学生物高技术研究心”、“保北药厂”、“洁翔医用电子设备厂”等 科技成果转化实体。 1993年被国际卫生组织授予“爱婴医院”称号。