海军总医院位于北京市海淀区玉渊潭北岸，占地11万平方米，建筑面积14万平方，展开床位800张。医院前身是海军北京医院，于1951年经周恩来总理批准在北京筹建，1954年2月开始收治伤病员，1954年7月扩建并改名为海军总医院，首任院长为肖邦宁。经过40余年的建设，已发展成一所集医疗、教学、科研为一体的大型综合医院，医院除担负着海军医疗、预防、保健任务，国家高科技攻关项目计划，研究生培训和军地医务人员进修任务外，还积极为地方伤病员及外宾华侨提供优质服务，在国内外享有良好的信誉和较高的知名度。是1991至1993年全军“白求恩杯”优胜单位，1994年被总部评为三级甲等医院，1997年首批被总部评为先进医院。
　　该院现有医技科室50余个，其中包括三个全军医学专科中心（全军神经外科中心、全军耳鼻喉科中心、全军高压氧中心），二个海军医学专科中心（海军航空潜水医学中心、海军放射医学影像中心）。各科室已形成或正在形成自己的专业特色。 　　全军神经外科中心开展的顽固性癫痫的手术、CT引导的立体定向技术在脑血肿的清除、脑深部脓肿的排空、脑深部肿瘤立体定向同位素内放疗等疾病的治疗，达国内先进水平。全军耳鼻喉科中心在耳聋治疗及头颈部肿瘤的外科手术方面具有军内先进水平，可行全喉切除发音功能再造及结肠代食道手术。全军高压氧中心在CO中毒及迟发性脑病临床诊断治疗和机理研究方面达到世界先进水平。眼科在立体视觉检查和莱姆氏病研究方面居国内领先水平，白内障超声乳化及晶体植入和准分子激光治疗仪在治疗屈光不正方面已达军内外先进水平。 　　心脏介入检查和栓堵治疗形成特色，获全军医疗成果一等奖。肝胆外科在国内首先开展腹腔镜手术，可开展肝癌二次手术。骨科在脊柱疾病诊治方面具有较高的水平，并配有先进的膝关节镜微创手术系统，开展了显微外科、关节镜、人工假体、和外固定架等骨科四大技术，已形成自己的特色。医学影象中心设施完备，技术力量雄厚，可开展多项介入治疗。 　　另外，胸外科、心外科、普通外科、泌尿外科、口腔科、神经内科、肾脏内科、血液科、消化内科、内分泌科、传染科、中医科、放疗科、航空潜水医学中心、妇产科、皮肤科、儿科、美容整形科等各科室也力量雄厚，开展了腹腔镜手术、冠状动脉搭桥术、牙科种植体、牙齿美容治疗、儿童精神心理卫生、儿童营养咨询与评估 等项目，技术水平较高。